“Crayon Shin-chan Movie 30 Mononoke Ninja Chinpuuden” วันหนึ่ง ชิโยเมะ เฮโซกาคุเระ หญิงสาวและชินโซ เด็กน้อย มาพบครอบครัวโนฮาระที่บ้านของพวกเขาในวันหนึ่ง เพื่อแจ้งให้มิซาเอะและฮิโรชิทราบว่าแม่ของชินจังคือคุณจริงๆ!
แม้ว่าจะทำให้ทุกคนไม่ทันระวังก็ตาม ในทางกลับกัน ครอบครัวโนฮาระไม่สามารถพาเธอออกไปได้

เขาจึงยอมให้เธอพักกับเขาหนึ่งคืน “ชินจัง เดอะมูฟวี่ ตอน นินจาคาถาวายุอลเวง” คืนนั้น กองทัพนินจาที่ไม่รู้จักโจมตี ทำให้เกิดการหายตัวไปอย่างน่างงงวยของทั้งจิโยเมะและชินจังจากเมืองนินจาเฮโซกาคุเระ พวกเขาปฏิบัติหน้าที่ในการปกป้อง “สะดือโลก”
ด้วยทองคำบริสุทธิ์และเทคนิคนินจาโบราณที่สืบทอดกันมาแต่โบราณกาล เพราะหาก “สะดือโลก” หายไป โลกก็จะเป็น ถึงวาระ หลังจากถูกลักพาตัวที่หมู่บ้านนินจาแห่งนี้ ชินจังต้องเปิดเผยมรดกที่แท้จริงของเขาเพื่อปกป้องอนาคตของโลก ถ้าไม่เช่นนั้น
ฤดูกาลก็จะจบลง และพรุ่งนี้จะไม่เหมือนเดิมอีกต่อไป รวมถึงอนาคตของครอบครัว ให้…เป็น….