“Teenage Mutant Ninja Turtles Mutant Mayhem” ภาพยนตร์ติดตามพี่น้องเต่าในขณะที่พวกเขาพยายามเอาชนะใจประหลาดมากมายและทำให้ผู้คนรักนิวยอร์กซิตี้ Cynthia Utrom หัวหน้ากลุ่ม Techno Infinite Exploration Foundation (TCRI) สั่งให้กลุ่มค้นหา
Baxter Stockman นักวิจัยฝ่ายกบฏที่สร้างสารก่อกลายพันธุ์เพื่อสร้างครอบครัวสัตว์ประหลาดของตัวเอง โดยเริ่มจากแมลงวัน กองกำลังจู่โจมของอูทรอมขัดขวางสต็อคแมนและทำให้เกิดระเบิดที่คร่าชีวิตเขา
ในขณะที่สารก่อกลายพันธุ์กลับปะทุขึ้นในท่อน้ำทิ้งของนิวยอร์กซิตี้ สิบห้าปีต่อมา ญาติเต่า Michelangelo, Leonardo, Raphael และ Donatello ได้รับการเลี้ยงดูโดยพ่อหนูที่ตอบสนองของพวกเขา Splinter
หลังจากที่พวกเขาทั้งห้าคนถูกเปลี่ยนให้กลายเป็นสิ่งเลวร้ายคล้ายมนุษย์โดยการกลายพันธุ์ของ Stockman ซึ่งพวกเขาเรียกว่า “น้ำท่วม” การถูกตามหาโดยบุคคลต่างๆ ทำให้ Splinter ไปสู่มนุษยชาติที่ไม่แน่นอนและฝึกฝนลูกๆ ของเขาในวิชานินจาพิเศษ
ช่วยให้พวกเขาออกจากท่อระบายน้ำกลับบ้านไปหยิบเสบียง เต่าซึ่งตอนนี้ยังเป็นวัยรุ่น น่าเสียดายที่จะมีชีวิตเหมือนนักเรียนมัธยมปลายทั่วๆ ไป

“เต่านินจา โกลาหลกลายพันธุ์” ขณะที่พวกเขาเอาชนะแก๊งอาชญากรระหว่างการวิ่งหาเสบียงเพื่อตามหารถมอเตอร์ไซค์ที่ถูกขโมยไปของวัยรุ่นชื่อเอพริล โอ’นีล เหล่าเต่าก็เปิดเผยว่าพวกเขาเป็นใครและมาจากไหน เมษายน
คอลัมนิสต์คู่แข่งที่กำลังประสบปัญหาในการผ่านเหตุการณ์ไวรัลที่น่าอับอายซึ่งเธอพ่นใส่กล้อง กำลังสืบสวนความก้าวหน้าของการลักขโมยนวัตกรรม TCRI ที่กระทำโดยผู้ฝ่าฝืนกฎหมายชื่อ “Superfly” ด้วยการหยุด Superfly
เต่าเหล่านี้หวังว่าจะได้รับการยอมรับจากสาธารณชนว่าเป็นวีรบุรุษผ่านการรายงานเมื่อเดือนเมษายน เมื่อพวกเขาพบกับ Superfly ใต้สะพานบรูคลินหลังจากขโมยเทคโนโลยีที่ถูกขโมยมา พวกเขาก็รู้ว่าเขาไม่เพียงแต่เป็นมนุษย์กลายพันธุ์เท่านั้น
แต่ยังเป็นผู้นำของแก๊งมนุษย์กลายพันธุ์ด้วย ดีใจที่ได้พบกับสิ่งแปลกประหลาดของแต่ละคน เต่าเหล่านี้ผูกพันกับ Superfly และคนอื่นๆ และเขาก็ได้รู้ว่าพวกมันถูกสร้างขึ้นโดย Stockman โดยหลบเลี่ยง TCRI และอาศัยอยู่บนเรือที่ถูกมองข้ามในเกาะ Staten
จากนั้นเขาก็เปิดเผยว่าเขาวางแผนที่จะใช้เทคโนโลยีที่ถูกขโมยมาเพื่อกลายพันธุ์สัตว์ทุกตัวบนโลกและสร้างโลกที่มนุษย์กลายพันธุ์ปกครองมนุษย์